Церковь возвели в 1751 году, рядом с деревянной церковью Фрола и Лавра, построенной на средства Михаила Федоровича Романова. В 1791 г. известные костромские купцы Дурыгины устроили в Иоанно-Златоустовском храме приделы в честь Тихвинской иконы Божией Матери, во имя святых мучеников Флора и Лавра и соименного одному из Дурыгиных великомученика Димитрия Солунского, Мироточивого. В этом же году пристроили колокольню, в результате чего был уничтожен деревянный храм Фрола и Лавра. Рядом с церковью до конца 18 века находилось кладбище. В советское время, с 30-х годов и до 1964 года храм являлся центром Костромской епархии. В это время в нем находилась главная костромская святыня — икона Феодоровской Божией Матери. Церковь Иоанна Златоуста одна из трех церквей, которые продолжали действовать в советское время.
Больше интересных фактов читайте в блоге: